查尔顿成立于1905年6月9日由当地的青少年所建立，接连在小童、业余及半职业的比赛有良好表现，查尔顿在1921年加入足球联盟，进入当时的南区丙组联赛，首年只能名列第十六位。二次大战后查尔顿于1946年首次打入足总杯决赛，以1-4在加时后负于德比郡。次年再晋身决赛，以1-0击败伯恩利，取得球会史上唯一的一项重要锦标。
       带领查尔顿长达九年的罗伦斯在1991年辞职转往米德尔斯堡，由预备队教练科比什利及格尔共同接替职务。1991年开季时山谷球场改建尚未完成，查尔顿唯有借用西汉姆联的乌普顿公园球场为主场。因资金短绌，承建商一度撤离山谷球场，查尔顿被迫以70万镑将罗拔李尔卖给纽卡斯尔联及山谷投资基金筹得超过1百万镑才令工程得以继续。1992年12月5日查尔顿终于重返改建的山谷球场，1比0击败朴茨茅斯。1995年科比什利开始单独领导查尔顿。1996/97年山谷球场计划扩建西看台使容量增至20,000人。
       1998年他们借著升班附加赛胜出获得首次在英超亮相，那场比赛在温布莱与桑德兰打成4-4，最终凭互射点球至突然死亡阶段，7-6气走对手。同年山谷球场西看台扩建完成开放，并再一步扩建北看台。虽然一个赛季就回到英甲，但查尔顿卷土重来，只花一个赛季又回到英超，而且这次终于站稳了脚步。科比什利才于03年夏季时购入新球员补充实力，包括丹麦国脚罗梅达尔、本土新秀杰弗斯及中场核心墨菲相继来投。2004/05是查尔顿百周年会庆，可惜的是表现不进反退，只能在中游徘徊，最终排名第十一位。06-07赛季结束后任教长达15年的科比什利离职。08-09赛季球队不幸降入甲级。

       足总杯冠军：1947。