07-08赛季罗斯托克降级后，科特布斯成为当时德甲唯一一支前东德地区球队，连续两个赛季成功保级，06-07赛季排名第13位，07-08赛季排名14位，球队皆位于降级的边缘，这两个赛季能顺利保级是否有保护东德球队的意味在里面且不论，就球队本身实力来看，甚至不如升班马门兴、科隆，仅仅倚仗耶利奇、里维奇等球员最后阶段的出色发挥，很难完成保级重任。
       08/09赛季保级附加赛总比分0比5负于纽伦堡后最终降级，科特布斯也因此宣布解雇主教练普拉什尼卡。09年6月8日，俱乐部聘请了43岁的沃利茨出任新帅，之前他执教的德乙球队奥斯纳布克不幸降级。

       科特布斯前身为成立于1963年科特布斯能源体育会（SC Energie Cottbus），当时正值东德时代，基于政治原因长期性影响体育及足球俱乐部的发展，球会成立初时获得一支邻近东德球会BSG Aktivist Brieske-Ost批准委派大批球员加入球队。当1990年两德统一时球队更名为能源足球俱乐部（FC Energie）。
       一直处于东德甲组尾乙组头的科特布斯，成为少数于统一后获得成功的前东德足球俱乐部。在统一后加入第三级地区联赛作赛五年后，科特布斯于1997年获得升级乙组，更于2000年升上甲组，在甲组逗留三年后降级重回乙组。降级后的首季，科特布斯仅以得失球差被美因茨05压过而失去即时回升德甲的机会，之后于2005-06球季获得再次升级德甲，不幸的是，球队在德甲仅仅待了两个赛季而降入到接下来的乙级联赛中作赛。