由于俱乐部出色的青训系统，南特的元气在2000年就得以恢复，获得法甲和法国杯双料冠军，2001-02赛季球队进入冠军杯第二阶段小组赛，不过此后5个赛季联赛只能位居中游，期间主教练从勒蒂泽特换成艾奥再换成扎卡里安，2006-07赛季末段扎卡里安临危授命未能挽救球队降级的命运。2007-08赛季在大部分主力离队的情况下扎卡里安(球员时代曾为南特效力过10个赛季的亚美尼亚国脚)充分挖掘新秀潜力，稳固防守的基础上力求突破，最终球队迅速重回法甲，2008-09赛季预算为3000万欧元。
        球队08-09赛季开局惨淡，08年8月27日，仅带领球队征战3轮的扎卡里安即被解职，成为该赛季五大联赛首位下课的主帅。08年9月2日，南特官方宣布鲍普成为金丝雀的新任主帅，合同为期两年，鲍普拥有丰富的法甲执教经验，执教过圣埃蒂安、波尔多和图卢兹。
        08/09赛季南特以降级告终，俱乐部随即解除了鲍普的主教练职务。新任主帅是德国人格诺特·罗尔，球队目前最大牌的球星是前不来梅射手克拉什尼奇以及前朴茨茅边卫帕马诺特。

        南特是法甲的一支老牌球队，是法国西北部布列塔尼大区最重要的城市，自从1963年首次晋升甲级至2007年球队已连续在甲级联赛中征战了44年，这是一项至今无人能敌的记录，1994-95赛季的那支南特也算是法甲历史上最为优秀的球队之一，在整个赛季中，球队取得21胜16平1负的骄人战绩，但当时俱乐部老板舍雷尔为了填补财政上的漏洞，赛季刚刚结束就把球队的骨干一售而光。

        法甲联赛冠军：1964-65，1965-66，1972-73，1976-77，1979-80，1982-83，1994-95，2000-01。
        法国杯冠军：1979，1999，2000。