在1924年以前，圣保利足球俱乐部是“汉堡-圣保利竞技俱乐部”的足球部门。圣保利足球俱乐部正式成立于1910年5月15日，以圣保利竞技俱乐部之名在大汉堡地区踢联赛，直到1924年德国竞技和足球俱乐部净化分离运动后才注册成为自主的俱乐部。俱乐部在汉堡地区处于中下游水平，直到1934年进入当时德国的16个最高级联赛之一——北方地区联赛，从此在顶级和次级联赛闲摇摆，1935年降级，1936年重升，1940年又降，1942年再升级，直到第二次世界大战结束。
        联邦联赛的成功和职业足球在西德的发展促成了1974年乙级联邦联赛的产生。圣保利当年进入德乙联赛，并在1977年终于拿到榜首并晋级德甲联赛。一年后旋即降回乙级。在德乙也很短命，1979年球队陷入破产边缘并被吊销职业竞技的执照，被迫降到第三级联赛——北方上级联赛。在1981和1983年球队取得上级联赛第一的成绩，但仍因财政状况不健康而未能升级。直到1984年，球队取得上级联赛第二，仅次于不来梅沙洲的二队。因后者不被允许升级，圣保利终重返德乙。1980年代后期到1990年代，圣保利如过山车一样反复在甲级和乙级闲升降。其间1988-1991年和1995-1997年在甲级。球队取得的最好成绩是1988-1989赛季德甲第10名。
        2001-2002赛季的降级险些使俱乐部破产，不得不接受捐款，即“拯救行动”。在2005-2006赛季，身处北方地区联赛（丙级）的圣保利在德国杯比赛中取得了难以置信的胜利。在淘汰赛中，他们一路过关斩将，战胜了布格豪森、波鸿、柏林赫塔等职业球队，2006年1月25日的四分之一决赛中竟然雪地里3:1战胜了当年的德甲联赛亚军不来梅沙洲。进入德国杯半决赛为俱乐部带来大约100万欧元的电视和赞助收入，极大程度缓解了俱乐部当时危急的财政。最终，在半决赛中，圣保利在4月12日举行的半决赛中主场0:3输给了拜仁慕尼黑，没能继续这一奇迹。圣保利队在最近30年来曾经13次变换联赛。