2005年6月19日博洛尼亚队在保级附加赛负于对手，降入乙级。三年期间球队的功勋球员内尔沃、托里西、奥利维相继退役，帕柳卡、扎乌利、贝鲁齐等实力球员也离队，球队变化较大。07-08赛季球队在队长卡斯特里尼，小队长特尔奇和莫拉斯，达伊诺等人的努力下防守极佳，锋线上马拉齐纳摧城拔寨，球队在联赛一路领跑，最终有惊无险的升入甲级联赛。
       08-09赛季将见证球队的百年史，球队也引进了拉齐奥中场大将穆丁加伊，以及扎乌利、沃尔皮增强实力，新赛季最低目标留在意甲。08年11月6日，前拉齐奥传奇球星和前国米助理教练米哈伊诺维奇入主博洛尼亚。09年4月14日，在主场1比4大败给保级对手锡耶纳后，俱乐部官方宣布解雇主教练米哈伊洛维奇，帕帕多普洛接过教鞭，07/08赛季帕帕多普洛率领莱切成功升上意甲，不过由于没能在合同问题上达成一致，他没有继续执教“小辣椒”，一直赋闲在家。
       09年10月21日，俱乐部召开紧急会议做出了炒掉帕帕多普洛的决定，随即新帅科隆巴上任，这位54岁的教练球员时代曾两次效力于博洛尼亚，退役后他先后在多支中小球队做过主帅：雷吉纳、那不勒斯、利沃诺和卡利亚里都留下过他的足迹，08/09赛季他中途带领阿斯科利保级，最终获得意乙最佳教练的称号。2010年8月29日，在新赛季意甲首轮开打之前，俱乐部意外解雇主教练科隆巴，主席波尔切达给出的理由是前者对球队毫无信心。两天后，俱乐部任命马莱萨尼为新任主教练，56岁的马莱萨尼此前执教过多支意甲球队，包括切沃、佛罗伦萨、帕尔马、乌迪内斯、恩波利和锡耶纳，09/10赛季他担任锡耶纳救火教练，但未能挽救该队降级的命运。
       2010年12月20日，已经拥有101年历史的博洛尼亚在官方网站上宣布，俱乐部已经与意大利咖啡业巨头马西莫-萨内蒂达成了收购协议，萨内蒂将买下博洛尼亚俱乐部100%的所有权。10/11赛季结束后，主教练马莱萨尼离开博洛尼转投热那亚，俱乐部随即宣布任命比索利为新帅，比索利在10/11赛季执教过卡利亚里，不过中途被炒。

      都灵－米兰－热那亚是意大利足球史上最著名的三座足球之城，来自这三座城市之外的球队中，成绩最棒的就要属博洛尼亚队了。博洛尼亚在二次大战前成绩辉煌，曾赢得多届意甲联赛冠军。但最近一次却已是1963-64年的事。八十年代起一直在低组别联赛作赛，至1996年才回到意甲。但因实力平平，一直只在意甲中下游位置，2004-05赛季更降回落意乙。在每年的转会市场上博洛尼亚主席加佐尼都给人一种“小气”的感觉，遭到了球迷和媒体的指责。

      意甲联赛冠军：1924-25，1928-29，1935-36，1936-37，1938-39，1940-41，1963-64。
      意大利杯冠军：1970，1974。