横滨水手总部设在日本横滨，由日产汽车公司所创立，于1999年与横滨飞翼合并而成。1972年日产在横滨市成立横滨水手的前身“日产自动车足球会”（Nissan FC），球队成立初时与高校及大学足球队进行比赛。1988年和1989年夺得日本足球联赛冠军及五次获得天皇杯，在1992年及1993年更夺得亚洲杯赛冠军杯。1991年加入日本职业足球联赛，将队名改为横滨水手（Yokohama Marinos）。
       1999年因为与横滨飞翼合并，由原本Yokohama Marinos改为Yokohama F. Marinos （F代表了横滨飞翼的名称Yokohama Flügels），球队曾夺得3次日本职业联赛总冠军，于2003年更以两个阶段联赛冠军成为总冠军。2006年联赛横滨水手只能取得第九名的成绩，总教练冈田武史则选择离队，由曾经于1995年担任总教练的早野宏史走马上任，与此同时两名主将奥大介及久保龙彦亦转会至同市球会横滨FC。

       日本J联赛总冠军：1995，2003，2004。
       日本J联赛首阶段冠军：1995，2000，2001，2003，2004。
       日本J联赛次阶段冠军：2003。
       日联杯冠军：1988，1989，1990，2001。