2001-02赛季马拉加在西甲中表现持续稳定，2002年夏天通过托托杯打进联盟杯，并最终进入联盟杯1/4决赛，2005-06赛季成为球队的滑铁卢，球队仅拿到24分降到西乙，而青年队马拉加B不得不降到西丙。经过两个赛季的努力，洛佩斯·穆尼斯带领球队重返西甲，不过他迅速在2008年夏天告别俱乐部，新主帅是塔皮亚，他之前执教过马拉加B和马拉加，上赛季格兰纳达在他的率领下不幸降级。
        马拉加在08/09赛季取得第八的好成绩，但主教练塔皮亚却在09年6月2日意外宣布辞职。09年6月25日，洛佩斯·穆尼斯重新执教马拉加，上赛季他是桑坦德主教练。09年夏季转会中，马拉加人员流失比较多，只是从低级别联赛中签入一些免费球员。
        2010年6月，卡塔尔酋长阿尔萨尼出资4200万欧元收购了“凤尾鱼”，这也是西班牙足球史上首支被阿拉伯人收购的球队。2010年11月2日，俱乐部宣布球队主教练费雷拉下课，新赛季西甲9轮马拉加仅积7分是主要原因，仅仅三天后，马拉加便聘请前维拉利尔及皇马主教练佩莱格里尼为新任主帅。

        马拉加处于西班牙南部海岸的安达卢西亚地区，1948年成立的马拉古埃诺竞技是现在球队的前身，起初只是作为当时马拉加竞技的一个附属，1952年夏天马拉加竞技解体后，马拉古埃诺竞技注册自己的所有权，并且取代马拉加竞技成为马拉加球队的代表。
        1954年马拉加升为西甲球队，随后的几十年中马拉加不停地在甲级和乙级之间徘徊，1993-94赛季球队因财政问题降到丁级联赛，直到1994-95赛季贝尔特兰和普切接手球队后才渐渐改变困境，经过短短四年的努力，1999-2000赛季马拉加终于打入西班牙顶级联赛，并且一鸣惊人，2000/01赛季他们差点就进入联盟杯。