进入21世纪后马洛卡的联赛成绩一直都处于中游，在2004-05赛季则跌入低谷，至冬歇期时几乎已经被认定降级，俱乐部重新聘请库珀出山创造了最后一轮保级的奇迹，现任主帅曼萨诺属于学院派教练，他于2005-06赛季接班库珀，成绩从第13到第11再到第17，可谓稳步上升，2007-08赛季末段展现出疯狂的进攻能力给人留下深刻印象，最后的6连胜使得球队拿到托托杯资格，联赛最佳射手古伊萨在08年欧洲杯中表现不俗已经以1500万欧元加盟土超的费内巴切，同时中场核心伊巴加萨转投维拉利尔。
        俱乐部在09年夏季大肆卖人，主力门将莫亚以及主力射手阿朗戈双双转出，不过两名球员为俱乐部带来近800万英镑的转会收入，引援方面，球队在转会窗口关闭前引进数名球员稳住大局。09/10赛季，曼萨诺率队成为西甲赛场上一匹黑马，最终以一分之差位列第五，但在2010年5月26日，小本经营的马洛卡因债务高达6000万欧元而申请破产，主教练曼萨诺也与球队友好分手。2010年7月3日，马洛卡前俱乐部主教练费雷尔率领的财团收购了俱乐部，同时聘请前赫塔菲主教练劳德鲁普出任新主帅。

        马洛卡位于马洛卡岛的帕尔马地区，其官方的第一个球场是布宜诺斯艾利斯球场，后来球队由国王阿方索八世将其命名为“皇家马洛卡”。1960年球队首次晋升甲级，自此之后几度沉浮，1997年第7次也是最后一次升入甲级，在此之前最好的成绩是1991年首次进入国王杯决赛。1997-98赛季是其战绩最好的时期，在库珀的带领下，马洛卡获得了国王杯的亚军，此后又战胜巴塞罗那赢得西班牙超级杯，1999年又创佳绩，获得欧洲优胜者杯的亚军，2003年在国王杯决赛中3比0大胜维尔瓦夺冠，其西甲联赛的历史最好成绩为第三名。

        国王杯冠军：2003。
        西班牙超级杯冠军：1998。